هسته مطالعاتی ـ پژوهشی اسلام و تمدن با حضور حجت الاسلام و المسلمین دکتر بابایی، هسته مطالعاتی ـ پژوهشی اخلاق و معنویت با حضور حجت الاسلام و المسلمین دکتر دیبا، هسته مطالعاتی ـ پژوهشی وهابیت با حضور اساتید محترم حجت الاسلام و المسلمین دکتر فرمانیان و عبدالملکی و هسته مطالعاتی ـ پژوهشی تحکیم نظام خانواده با حضور حجت الاسلام و المسلمین دکتر سید منذر حکیم فعالیت خود را آغاز نمودند.
این دوره ­ها با هدف تقویت بنیه علمی پژوهشی طلاب کسب تخصص­های لازم در گرایش مربوطه و افزایش توان مهارت­ های پژوهشی اعضای دوره ­ها تشکیل شده و طی دو سال (چهار نیم سال تحصیلی) ادامه می­ یابد.