مرکز پژوهش‌های اسلامی، فعالیت پژوهشی خود را در قالب دو گروه «مطالعات کاربردی اخلاق و تربیت» و «مطالعات کاربردی معارف اسلامی» ساماندهی نموده است. قلمرو فعالیت‌های هریک از گروه‌‌های پژوهشی عبارت است از: تربیت پژوهشگر در قالب هسته‌های مطالعاتی پژوهشی و هم‌چنین پژوهش و تحقیق در علوم اسلامی و انسانی از طریق پژوهشگران پروژه‌ای و محققان رسمی.

هسته‌های مطالعاتی پژوهشی

مرکز پژوهش‌های اسلامی به منظور تقویت بنیۀ علمی- پژوهشی طلاب و تربیت پژوهشگران کارآمد حوزوی، دوره‌های تربیت پژوهشگر در قالب هسته‌های مطالعاتی- پژوهشی برنامه‌ریزی کرده است. موضوع هسته‌های مطالعاتی- پژوهشی طبق نیازها و اولویت‌های اعلام شده از سوی قطب‌های فکری-‌ فرهنگی دفتر تبلیغات اسلامی انتخاب می‌شود. این دوره‌ها که حدود دو سال به طول می‌انجامد، مجموعه‌ای از کارگاه‌های دانش‌افزایی و مهارت‌افزایی، نشست‌های علمی و نیز انجام مطالعات تخصصی زیر نظر اساتید مجرب است. هر یک از اعضای هسته، مشروط به تدوین حداقل دو مقاله علمی- پژوهشی قابل قبول، پس از اتمام دوره، به‌عنوان پژوهشگر جذب گروه‌های علمی- پژوهشی شده و با آنها  قرارداد پژوهشی منعقد خواهد شد.

هسته‌های مطالعاتی پژوهشی، که تا کنون برگزار شده یا در حال برگزاری است، به شرح ذیل است:

انجام طرح‌های پژوهشی

از مهم‌ترین فعالیت‌های مرکز پژوهش‌های اسلامی، شناسایی و جذب پژوهشگرانی است که بتوانند در راستای مأموریت‌های مرکز و مسائل هر یک از میزهای تخصصی قطب‌های فکری فرهنگی دفتر تبلیغات اسلامی طرح پژوهشی ارائه و اجرا کنند. این طرح‌ها بر اساس شاخصه‌های پژوهشی تدوین می‌شود و پس از فرآیند تصویب خواهی در قالب قراردادهای پژوهشی با پژوهشگران و یا توسط محققان رسمی مرکز اجرا می‌گردد. آثار تولید شده، به صورت مشترک با پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی منتشر خواهند شد.

طرح‌های پژوهشی مصوب مرکز پژوهش‌های اسلامی معصومیه