موسسه در سه سطح تحصیلی آموزش طلاب را بر عهده دارد:
سطح دو: این مقطع تحصیلی مخصوص متقاضیانی است که پس از اخذ دیپلم جهت ورود به حوزه، اجرا می شود. مدت زمان تحصیل پنج سال است و دروسی که ارائه می شود، بیشتر جنبه عمومی دارد.
سطح سه: موسسه در این مقطع تحصیلی در نُه رشته تخصصی پذیرش دارد: فقه و اصول، مطالعات اسلامی زنان، فلسفه اسلامی، کلام اسلامی، تفسیر و علوم قرآن، تربیت دینی کودک و نوجوان، مشاوره خانواده با رویکرد اسلامی، اخلاق و تربیت اسلامی و تاریخ اسلام. این برنامه آموزشی ویژه طلاب فارغ التحصیل سطح دو و طی سه سال اجرا می شود.
سطح چهار: موسسه در این مقطع تحصیلی در چهار رشته تخصصی پذیرش دارد: حکمت متعالیه، کلام اسلامی، تفسیر تطبیقی و فقه خانواده.این برنامه آموزشی ویژه طلاب فارغ التحصیل سطح سه و طی سه سال اجرا می شود.